Na strukturę Akademii Katolickiej w Warszawie składa się działalność 4 Instytutów i 15 samodzielnych katedr naukowych. Od 2020 r. struktura uczelni ulega zmianie i jesteśmy w trakcie przekształceń w stronę uformowania 3 wydziałów.
Instytut Filozofii Chrześcijańskiej ma 3 katedry:
- Filozofii Systematycznej,
- Historii Filozofii,
- Antropologii Filozoficznej i Etyki.
W skład zasobów naukowych Instytutu Teologii Systematycznej wchodzi 5 katedr:
- Starego i Nowego Testamentu,
- Teologii Fundamentalnej i Religiologii,
- Teologii Dogmatycznej,
- Teologii Moralnej,
- Teologii Duchowości.
Instytut Teologii Praktycznej posiada również 5 katedr:
- Teologii Pastoralnej,
- Liturgiki, Homiletyki i Kultury Muzycznej Kościoła,
- Katolickiej Nauki Społecznej,
- Katechetyki i Pedagogiki,
- Prawa Kanonicznego.
W ramach Instytutu Historii Kościoła i Patrologii działają 2 katedry:
- Historii Kościoła,
- Patrologii.