Papieski Wydział Teologiczny, a szczególnie Sekcja Św. Jana Chrzciciela działa w specyficznych warszawskich warunkach. Akademickie Studium Teologii Katolickiej i papieski Wydział Teologiczny działały i działają w cieniu Akademii Teologii Katolickiej, obecnie Uniwersytetu Stefana Kardynała Wyszyńskiego. Sekcja Św. Jana Chrzciciela przez dziesięć lat sąsiadowała z Uniwersytetem, obecnie zaś dosłownie dzieli z nim gmach. Istnieją zatem obok siebie dwa Wydziały Teologiczne: profesorowie Sekcji Św. Jana Chrzciciela są zarazem pracownikami Uniwersytetu i odwrotnie. Trwa od lat praktyczna współpraca z tym dużym i znaczącym w Polsce środowiskiem teologicznym. Papieski Wydział Teologiczny, także Sekcja Św. Jana Chrzciciela zachowuje jednak swoją specyfikę, jest bardziej zakorzeniona w Archidiecezji Warszawskiej, ma bardziej „duszpasterski” charakter, musi całkiem konkretnie odpowiedzieć na naukowe potrzeby Kościoła Warszawskiego.

Nieodłącznym elementem każdego ze spotkań na Papieskim Wydziale Teologicznym jest modlitwa. Podejmują ją grupy księży w trakcie formacji. Eucharystia jako źródło i szczyt życia chrześcijańskiego jest centralnym punktem spotkań Towarzystwa Przyjaciół Papieskiego Wydziału Teologicznego oraz Szkoły Liderów Nowej Ewangelizacji. Przy wielu okazjach pracownicy i studenci Papieskiego Wydziału spotykają się na Nieszporach, Apelu Jasnogórskim czy wspólnym przeżywaniu Mszy Świętej.